Οι λειτουργικές κύστες των ωοθηκών συνήθως υποχωρούν χωρίς κάποια θεραπεία. Μπορεί να χορηγηθούν φάρμακα που περιέχουν ορμόνες για να σταματήσει την ωορρηξία. Μπορεί να χορηγηθούν φάρμακα που περιέχουν ορμόνες για τη ρύθμιση της εμμήνου ρύσεως.  Σε ορισμένες περιπτώσεις και ανάλογα με το μέγεθος, η χειρουργική επέμβαση μπορεί να είναι απαραίτητη για να αφαιρεθεί μια κύστη στην ωοθήκη.